Emile Combes naquit le 06 juin 1835 à Roquecourbe, dans le Tarn. Sa famille était assez pauvre. Son oncle, curé de campagne, lui fit faire ses études au petit séminaire de Castres. Il poursuivit au séminaire des Carmes à Paris.  Devenu docteur en théologie en 1860, avec sa thèse sur Saint Thomas d'Aquin, il enseigna la philosophie dans des écoles catholiques.

Ayant perdu la foi, il abandonna l'Eglise, et entreprit des études de médecine. Il s'installa à Pons, où il ouvrit un cabinet en 1866. Il y fut élu maire en 1876, il le restera jusqu'en 1919.

Devenu l'un des principaux dirigeants du radicalisme, il fut élu en 1885 sénateur de la Charente-Inférieure et  fonda le groupe parlementaire de la Gauche Démocratique qui rassembla les sénateurs radicaux. Il en devint, en 1893, le président. Vice-président du Sénat en 1894, il fut ministre, dans le cabinet Léon Bourgeois, de l'Instruction publique en 1895-1896. Le 7 juin 1902, il succéda à Waldeck-Rousseau à la présidence du Conseil

 Il développa, dès lors, le "combisme", politique militante et anticléricale du Bloc des gauches, il appliqua avec fermeté et intransigeance les lois de 1901 sur les congrégations religieuses, ce qui eut pour effet la fermeture de plus de deux mille cinq cents établissements d'enseignement religieux. Cette politique eut pour conséquence la rupture des relations diplomatiques avec le Vatican et, par la suite, devait conduire à l'adoption, le 9 décembre 1905, de la loi instaurant la séparation des Églises et de l'État.

Cette loi mit fin au Concordat de 1801, proclama la liberté de conscience et garantit le libre exercice des cultes, créant ainsi, de manière durable, le principe de la laïcité de l'État en France.

Plus aucun culte ne serait désormais subventionné. Propriété de l'État, les biens de l'Église seraient désormais gérés par des associations culturelles laïques.

Le gouvernement d'Emile Combes tomba en janvier 1905 à la suite de "l'affaire des fiches" : le Général André, ministre de la guerre, avait laissé ficher les officiers dans le but de réserver l'avancement à ceux qui étaient républicains.

Dès lors, Emile Combes ne jouera plus de rôle de premier plan bien qu'il présida le Parti Radical en 1911 et 1912 et qu'il devint ministre d'État dans le cabinet d’Union Nationale d’Aristide Briand, de novembre 1915 à 1916.

Un musée Emile Combes célèbre sa mémoire à Pons, près de sa statue érigée Place de la République, dont le nez fut brisé d'un coup de marteau le 20 octobre 1928 par un groupe d'une cinquantaine de manifestants. Les forces de l'ordre les dispersèrent, après que ces échauffourées eurent fait un mort et de nombreux blessés.